La 15 noiembrie 1967 în baza ordinului Marelui Stat Major, se înfiinţează Grupul 279 Scafandri (U.M. 02145). Acesta a funcţionat în garnizoana Mangalia până la data de 1 octombrie 1976 când se transformă în Grup Scafandri de Luptă şi intră în subordinea Centrului de Scafandri.

În baza aprobării Biroului Permanent al Comitetului Politic Executiv al Comitetului Central al Partidului Comunist Roman din 31 august 1976, Marele Stat Major, prin Dispoziţia din 6 octombrie 1976 transmisă către Comandamentul Marinei Militare, face cunoscut că ministrul Apărării Naţionale a aprobat înfiinţarea Centrului 39 Scafandri (U.M. 02145), dislocat în Constanţa, subordonat Comandamentului Marinei Militare cu începere de la 1octombrie 1976. Centrul 39 Scafandri a luat fiinţă prin dizolvarea Grupului 279 Scafandri (U.M. 02145) din garnizoana Mangalia, tehnica şi efectivele grupului intrând în compunerea Centrului.

Organizarea Centrului 39 Scafandri la înfiinţare a avut următoarea structură: Comandamentul cu subunităţile de baza (Grupul Scafandri de Mare Adâncime (G.S.M.A.), Grupul Scafandri de Lupta (G.S.L.), Cabinetul de studii şi dresaj animale marine, Laboratorul de cercetare privind pătrunderea omului sub apa) şi subunităţi şi formaţiuni de servicii.

În anul 1976 a fost perfectat proiectul preliminar de amenajare a navei „Arad” din dotarea Flotei Comerciale Maritime „Navrom” ca nava de intervenţie cu scafandri de mare adâncime. Preluarea ei în cadrul Centrului 39 Scafandri s-a făcut în baza Decretului Consiliului de Stat al Republicii Socialiste România din 27 iulie 1977. Totodată, în baza aceluiaşi decret, s-a luat în primire de la Institutul Român de Cercetări Marine Constanţa aparatura şi instalaţiile aferente privind pregătirea, antrenarea şi perfecţionarea scafandrilor, împreună cu personalul de cercetare în acest domeniu. Prin transfer, s-a încadrat în organica Centrului 39 Scafandri un colectiv de cercetători din cadrul Institutului.

La data de 30 octombrie 1977, instalaţia de scufundare „ULIS” livrată de firma „Comex Industries” – Franţa a fost transportată de la Constanţa la şantierul naval Drobeta Turnu-Severin, în vederea amplasării pe nava „Arad”. Prin ordinul din 30 octombrie 1977, începând cu data de 30 noiembrie1977, nava intră în compunerea Grupului de scafandri de mare adâncime al Centrului 39 Scafandri, primind numele ,Emil Racoviţă”.

În perioada 01-26 august 1978, nava „Emil Racoviţă” a executat mai multe ieşiri pe mare pentru scufundări reale la mare adâncime cu instalaţia ULIS. Astfel, între 01 şi 06 august 1978 s-au executat scufundări la 40 de metri, între 15 şi 18 august 1978 se intră în imersiune de 4 ori la adâncimea de 70 de metri (la fiecare scufundare au intrat în turela câte doi scafandri de mare adâncime), iar între 22 şi 26 august 1978 au atins adâncimea de 100 de metri. Întrucât contractul de colaborare care a fost încheiat cu firma franceza prevedea şi specializarea în saturaţie a scafandrilor romani, o echipa de specialişti s-a deplasat la firma franceză „Comex Industries” -Marsilia în perioada 28 octombrie 1978 – 03 ianuarie 1979.

Timp de 7 zile (07-13 decembrie 1978), s-a executat prima scufundare în saturaţie cu scafandri români la adâncimea de 202 metri. La finalul scufundării, firma franceză, în semn de recunoaştere profesională, le-a eliberat certificat de atestare. În cursul anului 1978 s-au desfăşurat acţiuni cu participarea specialiştilor Centrului 39 Scafandri la convorbiri tehnice şi comerciale cu firme furnizoare de tehnică de scufundare. Eficienţa acestor acţiuni a constat în încheierea contractelor pentru instalaţiile şi echipamentele de bază ale navelor de intervenţie şi a Laboratorului Hiperbar.

În luna decembrie 1979, intră în organica Centrului 39 Scafandri nava „Grigore Antipa”, construită în şantierul naval Mangalia.

În următorii ani, beneficiind de tehnologie franceză preluată de la firma Comex, s-au pus bazele activităţii cu scafandri de intervenţie şi lucru la mare adâncime, atât în economia naţională cât şi în cadrul Marinei Militare.

În anul 1981 se realizează o structura apropiată de cea actuală, cuprinzând: unitatea de scafandri de mare adâncime cu 2 nave: „Emil Racoviţă” şi „Grigore Antipa” şi 6 grupe de scafandri; unitatea de scafandri de luptă cu 4 nave de intervenţie şi 8 grupe de scafandri; formaţiuni de cercetare, pregătire şi antrenare.

În perioada 06-15 iulie 1981 s-a desfăşurat cu rezultate foarte bune prima scufundare în saturaţie din România, sub conducerea specialiştilor francezi, în cadrul Laboratorului Hiperbar, pentru recepţia finală a aparaturii, în condiţii complexe de funcţionare. Din partea firmei franceze „Comex Industries”, la scufundarea în saturaţie au participat 6 specialişti, conform prevederilor contractului din 1978.

Ziua de 21 iunie 1983 aduce în istoria scafandreriei româneşti un nou record naţional. S-a executat scufundarea „Pontus III” la 450 metri adâncime. Odată cu trecerea timpului, experienţa dobândită începe să îşi spună cuvântul. După 8 ani de la înfiinţarea Centrului 39 Scafandri se stabileşte recordul naţional de adâncime: 500 de metri – scufundare în saturaţie – executată în perioada 25 septembrie – 09 octombrie 1984.

În perioada 1984 – 1987, navele şi scafandrii Centrului au participat la activităţi complexe de punere în funcţiune a primei platforme de foraj marin, a primei platforme pentru extracţia ţiţeiului din Marea Neagră, montarea conductelor submarine, participând în continuare la supravegherea şi întreţinerea acestora.

Experienţa specialiştilor s-a dezvoltat şi amplificat, contribuind de-a lungul anilor atât la dezvoltarea tehnologiilor de pătrundere sub apă, cât şi la realizarea unor lucrări subacvatice de mare anvergură.

În baza Hotărârii Guvernului din 21 iulie 1993, Centrul 39 Scafandri a fost autorizat ca organ unic de brevetare, pregătire şi perfecţionare a scafandrilor profesionişti din ţară.

După 1993, Centrul 39 Scafandri şi-a restructurat şi diversificat activităţile, astfel:

• execută lucrări cu scafandri la nave, cheiuri şi structuri imerse;
• formează şi atestează personal medical de specialitate;
• desfăşoară activitate de cercetare ştiinţifică pentru realizarea de mijloace tehnice şi tehnologii de lucru sub apă.

În anul 1994, ca urmare a perfecţionării structurilor organizatorice din Marina Militară, Centrul 39 Scafandri devine Brigada de Submarine şi Scafandri, având în subordine o unitate de scafandri de mare adâncime, o unitate de scafandri de luptă şi submarinul „Delfinul”. În Comandamentul brigăzii a funcţionat o Şcoală de scafandri şi un Laborator Hiperbar. Unitatea de scafandri de mare adâncime avea în înzestrare navele „Emil Racoviţă” şi „Grigore Antipa”, dotate cu echipamente de scufundare şi lucru pana la adâncimi de 120 metri, respectiv 250 metri.

În anul 1998 se revine la titulatura de „Centrul 39 Scafandri”, iar unităţile de scafandri de mare adâncime şi de scafandri de luptă din subordine au fuzionat, rezultând Divizionul 175 Nave Scafandri.

În decembrie 2014, Secţia Scafandri de Luptă din Divizionul 175 a devenit Secţia Scafandri de Luptă şi Operaţii Speciale cu indicativul U.M. 02014, iar din mai 2016 s-a transformat în Divizionul 164 Forţe Navale pentru Operaţii Speciale, în subordinea Centrului 39 Scafandri.

La data de 1 noiembrie 2019, în compunerea Centrului 39 Scafandri a intrat Divizionul 176 Nave Scafandri de mare adâncime iar începând cu data de 13 august 2020, Divizionului 175 Nave scafandri de luptă i se atribuie denumire oficială și i se schimbă denumirea în Divizionul 175 Nave scafandri de luptă „Comandor Constantin Scarlat”.

În ultimii ani, scafandrii militari români au participat la numeroase exerciţii naţionale şi internaţionale, cu ţări din NATO şi din afara Alianţei.

În timpul celor peste 50 de ani de existenţă, Centrul 39 Scafandri a pierdut un număr de 19 eroi, decedaţi pe timpul executării misiunilor, în ţară şi în teatrele de operaţii.